Der Stadion Modus ist der Hauptmodus des Spiels. Dieser Modus ist nur für einen Spieler und ermöglicht euch durch verschiedene Cups zu kämpfen. Diese Cups haben unterschiedliche Regeln sowie Gegner und fordern euch gute Strategien ab. Folgende Cups gibt es:

• Premium Cup: Kämpfe für Pokémon Level 1-100 
• Pokémon Cup: Kämpfe für Pokémon Level 50-55 
• Mini Cup: Kämpfe für Pokémon Level 25-30 
• Pika Cup: Kämpfe für Pokémon Level 15-20 

Beim Freien Kampf könnt ihr alleine oder mit bis zu drei weiteren Spielern innerhalb selbst gewählter Regeln kämpfen. Dabei handelt es sich um die gleichen Regeln wie im Stadium zuzüglich dem Modus "???", der euch erlaubt sechs Pokémon ohne jegliche Einschränkungen zu benutzen. Ihr könnt Leihpokémon oder Pokémon einer eurer Gameboy Editionen benutzen. 

Bei der Arenaleiterburg könnt ihr gegen alle Arenaleiter der Kanto Region kämpfen. Diese müssen der Reihe nach besiegt werden, um einen Schlüssel für die jeweils nächste Arena zu erhalten. Nachdem ihr alle Arenaleiter besiegt habt, erwarten euch die Top Vier und der Rivale zu nervenaufreibenden Matches!

Der Gameboy Turm ermöglicht euch Gameboy Pokémon Editionen auf einem großen Bildschirm zu spielen. Durch das Meistern des Premium Cups und des Pokémon Cups könnt ihr die Schnelligkeit eurer Gameboy Spiele erhöhen. Dabei wird zuerst der Dodu Gameboy und im Anschluss der Dodri Gameboy freigeschaltet.

Der Kids Club ist eine Sammlung von 9 Minispielen. Diese Minispiele können gegen den Computer oder gegen bis zu drei weitere Spieler in einer von vier Schwierigkeitsstufen gespielt werden. Die vierten Schwierigkeitsgrad (Mega), müsst ihr freischalten

Die Ruhmeshalle ist wie eine Hall of Fame. Immer wenn ihr einen Cup im Stadion oder die Arenaleiterburg meistert, erscheinen die sich in eurem Team befindenden Pokémon in der Ruhemshalle. So könnt ihr dort nach und nach alle Pokémon freischalten. Dabei sehr ihr beim jeweiligen Pokémon in welchem Modus ihr es freigeschaltet habt. Habt ihr alle 151 Pokémon registriert, erhaltet ihr ein besonderes Geschenk. (Mehr dazu unter Preise)

Das Pokémon Labor dient zur Organisation und ihr erhaltet dort viele Informationen zu den Pokémon eurer Gameboy Edition. Ihr habt die dort die Möglichkeit Pokémon eurer Gameboy Editionen auf den Boxen des Pokémon Stadium Spiels abzulegen. Ihr könnt eure Boxen anschauen, zwischen zwei Editionen tauschen und innerhalb eines Pokédex euch alle Pokémon anzuschauen und sie zu suchen.

Dieser kleine Modus wird freigeschaltet, sobald ihr alle Cups und die Arenaleiterburg gemeistert habt. Ist dies geschafft, erscheint über dem Stadion eine Silhouette von Mewtu. Wenn ihr es anklickt, erscheint eine coole Animation und der Kampf gegen Mewtu beginnt. Besiegt ihr es, schaltet ihr Runde 2 des Spiels frei.